醫院源于1946年，曾用名“寶安縣衛生院”、“寶安縣人民政府衛生院”、“南頭衛生院”、“南頭公社中心衛生院”、“南頭地段衛生院”、“南頭區人民醫院”，1992年改現名“深圳市南山區人民醫院”，2004年增名為“深圳市第六人民醫院”。2009年9月，掛牌“華中科技大學協和深圳醫院”。2012年12月，成為廣東醫學院非直屬臨床醫學院。

我院占地面積5.44萬平方米，總建筑面積10.16萬平方米，編制總床位900張，開放床位近1200張，服務人口170萬。南山區政府已立項改擴建工程，醫院已向發改局申報16億元，新建19.60萬平方米的門急診醫技樓、外科大樓及科教綜合樓，屆時醫院占地面積將達8.3萬平方米（含荔香中學近3萬平方米用地）醫院總建筑面積達到28.20萬 平方米，床位數2200張，地下停車場有車位1700個，并與地鐵站負一層連通。

我院設有內、外、婦、兒、疼痛、中醫、全科、護理、康復、口腔、耳鼻喉及急重癥醫學等11個教研室。目前已有碩士研究生導師29人，先后培養了碩士研究生139人；已連續11年完成大學本科理論授課，培養本、專科實習生2800余人。2004年我院與廣東醫學院簽訂協議，成為廣東省醫學院非直屬附屬醫院，2012年升格為廣東醫學院南山臨床醫學院。

醫院加強與國內外的學術交流，舉辦各級繼續教育項目40多項。我院建有中心實驗室、疼痛實驗室、耳鼻咽喉科解剖實驗室、疼痛醫生尸體操作培訓室等，配備了免疫學檢測儀器、基因擴增及分析設備、細胞培養設備、蛋白質分析儀、流式細胞儀等多項高端設備，可開展外周血單核細胞分離技術、間接免疫熒光技術、酶聯免疫吸附測定技術、基因擴增與分析、單克隆抗體培養、PCR技術等多項臨床與基礎研究。

近三年我院已獲得國家自然科學基金6項，省級科研基金3項，廳局級科研基金13項，市級科研基金79項，區級科研基金99項、學術論文發表數及質量穩步提高，其中近三年被SCI收錄的學術論文達42篇。

長期以來，為持續提升醫療技術和服務水平，在南山區委、區政府大力推動和支持下，醫院歷屆領導班子均注重對外交流與合作。2009年9月，我院與華中科技大學協和醫院正式簽署技術合作協議，在醫教研管各方面建立了緊密合作關系。根據協議，協和醫院常年派駐8-10名專家駐點南山，為深圳市民提供近在咫尺的國內一流醫療服務。三年多來，兩院合作亮點突出，成績斐然，成功實現了晉級廣東省“三級甲等醫院”里程碑式的跨越。

我院還利用地域優勢，與香港中文大學緊密合作，建立耳鼻喉合作項目、心理治療中心、顯微及內窺鏡技術實驗室；與四川大學華西醫院結成姊妹醫院關系，開通華西醫院在南山醫院的遠程教學和遠程會診中心。

我院是國家衛生計生委臨床路徑管理試點單位，建立了一整套管理制度、工作模式、運行機制以及質量評估和持續改進體系，有力促進了管理效能、患者滿意度、醫療質量的大幅提升。2007-2012年，我院在深圳市醫療服務整體管理與質量控制評估中總分均為區屬中心醫院第一名，2010年因通過三級甲等醫院評審獲得免檢殊榮。

作為深圳西部中心區域唯一一家大型綜合性醫院，我院承擔并出色地完成了大量突發公共衛生事件的醫療救治工作及政府各項指令性任務。如派遣醫務人員參加援疆醫療隊開展衛生對口支援、汶川地震搶險救災、防治甲型H1N1流感、嬰幼兒結石篩查、手足口病防治、雪災期間的醫療保健、摩托艇大賽期間的醫療保障、2011年大運會主會場的定點醫療保障服務等，獲得了良好的社會聲譽。

深圳市是國家衛生計生委指定的全國17個公立醫院改革試點城市之一，重點試點社區衛生服務院辦院管和法人治理結構兩個主題。目前，我院所屬26家社康中心形成了“院辦院管、雙向轉診、聯網運營”的服務模式，提升了基層醫療服務能力和水平。2009年我院成立理事會，每年定期召開會議，在法人治理結構方面做出了積極、有益的探索。

2013年初，新一屆領導班子上任伊始，即決定緊跟新醫改步伐，將該年確定為創建國家三級甲等綜合醫院暨規范執行年，以國家三級甲等綜合醫院、高等醫學院校附屬醫院和臨床學院標準建設醫院；調整學科結構，轉變發展方式，加強醫院管理，優化服務流程，改善就醫體驗，遏制醫療費用的不合理增長；繼續以協南合作為契機，加強內涵建設，注重學科發展，規范醫療行為，提高醫療質量，保障醫院安全，促進醫院臨床、科研和教學工作的全面、協調和可持續發展；通過質量建設、人才建設、行風建設和文化建設，提升醫院的核心競爭力，將醫院打造成與深圳經濟社會發展水平相適應的、人民滿意的國家三級甲等綜合醫院。