1979年伴隨深圳經濟特區成立更名為深圳市人民醫院。1994年被評為深圳首家“三級甲等”醫院，1996年經國務院僑辦批準成為暨南大學醫學院第二附屬醫院，2005年升格為暨南大學第二臨床醫學院。現已發展成為一個功能齊全、設備先進、人才結構合理、技術力量雄厚，集醫療、科研、教學、住院醫師規培、保健為一體的深圳市最大的現代化綜合性醫院。

醫院擁有國家住院醫師規范化培訓基地及國家全科醫師技能培訓中心；作為暨南大學第二臨床醫學院、暨南大學第二臨床醫學院博士后創新實踐基地。醫院呼吸與危重癥醫學科經過嚴格遴選成為國家首批、廣東省廣州市外唯一的國家專培基地。2015年成立了深圳市人民醫院轉化醫學協同創新中心，將整合所有重點實驗室、醫學工程中心（平臺）和博士后教育基地，解決應用不連貫的問題，建設統一的免疫生化、分子生物、基因檢測和動物模型建設的基礎實驗室，同時因應各專科需求增設特異功能裝備，并以此作為我院的主要科研基地，進行醫院重大臨床研究和臨床技術研究。2017年獲國家科技進步獎二等獎一項，包攬了“深圳市第一屆住院醫師規范化培訓臨床技能競賽”團隊一等獎、二等獎及全部單項獎冠軍。醫院現有內科學、外科學、婦產科學、兒科學等16個教研室。目前有博士生導師13名，碩士生導師85名。現已招收碩士生730余名、博士生40余名，本科生260余名。每年招收臨床實習生近130余名，進修生 120余名。

多年來，醫院不斷選送有培養前途和發展潛力的專業技術骨干前往美國耶魯大學、加州大學、斯坦福大學、紐約長老會哥倫比亞與康奈爾大學醫院、邁阿密大學醫學院、賓州大學醫學院、哈佛大學醫學院（ 附屬麻省總醫院、貝絲以色列女執事醫學中心）、休斯頓衛理公會全球健康服務中心，德國雷根斯堡大學醫院、英國桑德蘭大學、比利時布魯塞爾大學、澳大利亞科廷大學、加拿大SFU大學、新加坡國立大學醫院、香港中文大學威爾士親王醫院、香港大學瑪麗醫院等國際知名學府進修學習，掌握本專業的新知識、新技能、新動態，全方位加深對醫學科學的認識和了解，莘莘學子在國際醫學領域中錘煉成長。

醫院積極開展高層次、國際性的交流與合作，先后與德國紐倫堡大學醫學院、不萊梅港中心醫院、英國倫敦大學、加拿大西大略大學器官移植中心、美國休斯敦衛理公會醫院、法國里爾大學醫療中心、韓國全南大學校病院、韓國大田宣醫院建立起長期合作與交流平臺，締結友好醫院，與國際醫學大舞臺進一步交融。國內交流與合作：醫院與廣州呼吸疾病研究所鐘南山院士呼吸內科團隊、解放軍總醫院陳香美院士腎內科團隊、解放軍總醫院張旭教授泌尿外科團隊、中國醫科大學附屬第一醫院徐克教授介入科團隊、北京大學第一醫院霍勇教授心內科團隊、四川大學華西醫院劉進教授麻醉科團隊、北京大學第一醫院丁炎明教授護理團隊、蘇州大學附屬第一醫院江蘇省血液病研究所阮長耿院士血液內科團隊、復旦大學附屬華山醫院顧玉東院士手外科團隊、首都醫科大學北京醫學中心耳鼻咽喉醫院韓德民院士耳鼻咽喉團隊、山東大學齊魯醫院張運院士超聲心動圖團隊、Robert Malenka院士腦認知科學團隊、北京協和醫院曾小峰教授風濕免疫團隊、倫敦大學學院加里羅伊爾教授腫瘤學團隊、美國西北大學Seema Khan教授及約翰霍普金斯教授乳腺外科團隊等共22家知名學科團隊簽訂“三名工程”合作協議，加大了引才的力度，為醫院帶來了前所未有的發展機遇，醫院的綜合競爭力大大提高。