復旦大學上海醫學院（原上海醫科大學）創建于1927年，創立時名為國立第四中山大學醫學院，是中國人創辦的第一所國立大學醫學院，顏福慶出任首任院長。1932年，獨立為國立上海醫學院（簡稱上醫）。院訓是“正誼明道”，出自《漢書·董仲舒傳》：正其誼不謀其利，明其道不計其功。1939年，因抗戰爆發內遷至云南昆明。1940年，輾轉遷至四川重慶。

1946年，抗戰勝利，遷回上海。1952年，更名為“上海第一醫學院”。1959年，被定為全國16所重點高等學府之一。1985年，更名為“上海醫科大學”。2000年，上海醫科大學和復旦大學合并辦學，組建成為新的復旦大學。2012年，新的上海醫學院成立，作為復旦大學黨政的派出機構，根據學校的授權，在大醫口的人才培養、科學研究、學科建設、發展規劃、資源配置、對外交流等方面，行使相對獨立的管理權限。2017年，中共復旦大學上海醫學院工作委員會（簡稱上海醫學院黨工委）成立，是學校黨委的派出機構。

2018年12月21日，教育部、國家衛生健康委員會、上海市人民政府正式簽約，共建托管復旦大學上海醫學院及其直屬附屬醫院。2019年6月14日，復旦大學上海醫學院領導班子宣布會議舉行。上海市委決定，建立中共復旦大學上海醫學院委員會和中共復旦大學上海醫學院紀律檢查委員會。同日，復旦大學上海醫學院高水平地方高校試點建設正式啟動。

有直屬院系所9個。設有本科專業9個：臨床醫學（八年制）、臨床醫學（五年制）、臨床醫學（六年制）、基礎醫學、法醫學、預防醫學、公共事業管理、藥學、護理學，高職專業1個：護理。有博士學位授予權的一級學科9個（醫學門類6個，非醫學門類3個），設有博士后科研流動站8個：生物學、基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、中西醫結合、藥學、公共管理（醫）、護理學。在校博士研究生2487人，碩士研究生2637人，普通本科生3810人，專科生279人，預科生15人，共計9228人。有中國科學院院士5人，中國工程院院士5人，教育部“長江學者獎勵計劃”特聘教授27名，講座教授8名，另有青年長江學者6名。“國家重點基礎研究發展計劃（含重大科學研究計劃）”項目首席科學家17人，牽頭2018年度國家重點研發計劃專項項目9項（含附屬醫院牽頭4項）、國家科技重大專項課題5項（含附屬醫院牽頭3項）。國家杰出青年基金獲得者36人，國家自然科學基金優秀青年基金獲得者19人。

有一級學科國家重點學科3個：生物學、基礎醫學、中西醫結合，二級學科國家重點學科12個：內科學（心血管病、腎病、傳染病）、兒科學、神經病學、影像醫學與核醫學、外科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、婦產科學、流行病學與衛生統計學、藥劑學、社會醫學與衛生事業管理；有國家老年疾病臨床醫學研究中心、國家放射與治療臨床醫學研究中心和國家兒童醫學中心；有國家重點實驗室1個：醫學神經生物學；教育部重點實驗室5個：醫學分子病毒學、代謝分子醫學、智能化遞藥、公共衛生安全、癌變與侵襲原理，教育部前沿科學中心1個：腦科學；國家衛健委（衛生部）重點實驗室9個：糖復合物、抗生素臨床藥理、手功能重建、衛生技術評估、醫學分子病毒學、聽覺醫學、近視眼、病毒性心臟病、新生兒疾病，上海市重點實驗室9個：周圍神經顯微外科、醫學圖像處理與計算機輔助技術、器官移植、女性生殖內分泌相關疾病、腎臟疾病與血液凈化、視覺損害與重建、乳腺腫瘤、出生缺陷防治、老年醫學臨床。

上海醫學院一號醫學科研樓（復星樓）、學生書院、醫科圖書館、綜合游泳館、地下停車庫的樓宇已投入使用，二號醫學科研樓正在建設中。

附屬醫院17所（含籌），分別是復旦大學附屬中山醫院、復旦大學附屬華山醫院、復旦大學附屬腫瘤醫院、復旦大學附屬婦產科醫院、復旦大學附屬兒科醫院、復旦大學附屬眼耳鼻喉科醫院、復旦大學附屬金山醫院、復旦大學附屬上海市第五人民醫院、上海市（復旦大學附屬）公共衛生臨床中心、復旦大學附屬華東醫院、復旦大學附屬浦東醫院、復旦大學附屬靜安區中心醫院、復旦大學附屬閔行醫院、復旦大學附屬精神衛生中心（籌）、復旦大學附屬青浦區中心醫院（籌）、復旦大學附屬口腔醫院（籌）、復旦大學附屬徐匯醫院（籌）。