學校前身是1926年創辦于上海的私立東南醫科大學，1930年更名為東南醫學院，1949年底響應中共中央華東局“面向農村，走向內地”號召，內遷安徽懷遠，成為安徽省第一所高等醫科院校。1952年遷址合肥，改名為安徽醫學院。1985年更名為安徽醫科大學。

學校將現代著名教育家蔡元培先生的題詞“好學力行，造就良醫”確立為校訓，將“厚德至善，博學濟世”確立為校風，弘揚“愛國愛民，獻身人類健康”的光榮傳統，秉承“興國、奉獻、仁愛”的育人理念，倡導踐行“崇教、樂教、善教”教風和“求真、求精、求新”學風，致力于建設高水平醫科大學。

學?，F有梅山路校區、翡翠路校區、東校區（在建）、巢湖校區、阜陽校區等5個校（院）區，校園占地面積2086畝。有直屬教學機構16個，直屬附屬醫院6所，非直屬附屬醫院9所。

現有在校全日制普通本科生12883 人，全日制研究生4130人，留學生434人，繼續教育學生17091人。在職教職醫護員工（含直屬附院）11532人，其中正高395人，副高1052人。校本部教職工1276人，專任教師717人，專任教師隊伍中具有博士、碩士學位的教師占92%，其中正高職稱123人，副高職稱293人。

學校以醫學為主，醫學、理學、工學、管理學、法學等學科協調發展。設有臨床醫學（“5+3”一體化）等33個本科專業。擁有臨床醫學、藥學、基礎醫學、公共衛生與預防醫學4個博士學位授權一級學科點，35個博士學位授權二級學科點；有13個碩士學位授權一級學科點，63個碩士學位授權二級學科點；擁有1個博士專業學位授予權學科，9個碩士專業學位授予權學科。臨床醫學、藥理學和毒理學、分子生物學與遺傳學、生物與生物化學學科4個學科進入ESI全球排名前1%。

學校建有藥學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學3個博士后科研流動站。擁有1個國家重點學科，2個國家中醫藥重點學科，14個國家臨床重點?？平ㄔO項目，3個省級學科建設重大項目，18個省級重點學科，25個安徽省臨床重點?？?。臨床醫學、藥理與毒理學、公共衛生與預防醫學、藥學、生物學等5個學科獲安徽省屬公辦普通本科高校一流學科獎補資金項目。建有3個教育部重點實驗室，1個國家衛生健康委員會重點實驗室，32個省部級實驗室。有1個教育部科技創新團隊，2個安徽省科技創新團隊，3個安徽省“115”產業創新團隊，3個安徽省高?？蒲袆撔缕脚_團隊，1個安徽省高校智庫。

國家自然科學基金立項數連續15年保持省屬高校領先地位。研究成果分別入選2010、2014年度中國科學十大進展和2012年度中國高校科技十大進展。獲國家科技進步二等獎1項、教育部高等學?？茖W研究優秀成果獎一等獎1項、中國青年科技獎2項、中華醫學科技獎一等獎4項,安徽省自然科學獎一等獎4項、二等獎5項。先后在《細胞》《新英格蘭醫學雜志》《自然遺傳》等國際著名SCI刊物發表多篇高水平論文。

學校躋身國家“中西部高校基礎能力提升工程”，是國家級大學生創新創業訓練計劃承擔高校。有4個國家級高校特色專業建設點，2個國家級專業綜合改革試點，3個國家級卓越醫生教育培養計劃項目，1個國家級教學團隊，2門國家級精品課程和2門國家級精品資源共享課，2個國家級實驗教學示范中心，1個國家級虛擬仿真實驗教學中心，2個國家級示范性虛擬仿真實驗教學項目。1門課程入選教育部來華留學英語授課品牌課程。獲得國家級教學成果二等獎1項。

有35人次在國際學術組織和SCI源期刊任職。7人擔任國家級?？茖W會主委，12人入選教育部高校醫藥學科教學指導委員會專家。8人次擔任國家衛健委“十三五”規劃教材主編。10余人獲得全國、全省模范教師、優秀教師稱號。
學校編輯出版的具有CN刊號的醫學學術期刊有《安徽醫科大學學報》《中國藥理學通報》《臨床與實驗病理學雜志》《中華疾病控制雜志》等12種，其中CSCD核心期刊3種，北大核心期刊4種。

校圖書館藏書136萬冊，是全國生物醫學文獻資源共享網絡安徽省級中心館，為安徽省高校數字圖書館醫學分中心、教育部科技查新工作站。

學校堅持開放、合作、共贏的方針，與軍事醫學科學院、清華大學、中科院合肥物質研究院、香港大學等建立戰略合作伙伴關系，與北京航空航天大學合作開展醫工交叉創新研究，積極發展“新醫科”。目前臨床學院達50余所，實踐教學基地90余所，分布于安徽省各地市及北京、上海、江蘇、山東、浙江、廣東、福建、新疆等?。ㄊ?、自治區）。

學校同美國、德國、英國、俄羅斯、澳大利亞、加拿大、意大利、日本、西班牙、瑞典、馬來西亞、加納、埃塞俄比亞、韓國以及臺灣地區、香港地區等16個國家和地區的高等院校廣泛開展合作交流與合作辦學，雙方互派專家學者、互派學生、相互交流信息資料、共同開展人才培養和科研合作。

面向未來，安徽醫科大學始終把人才培養、科學研究、社會服務、文化傳承創新、國際交流合作貫穿到辦學興校、立德樹人的全過程，努力實現建設高水平醫科大學的大擔當、培育百千萬良醫的大責任和服務人民群眾的大情懷的“安醫大發展之夢”，到建校一百年時（2026年），成為走在全國同類高校前列的高水平醫科大學，到內遷一百年時（2049年），成為國內一流、國際知名的高水平醫科大學。