建校之初，學校即為新中國高等中醫藥教育培養輸送了第一批師資，編撰、制訂了第一套教材和教學大綱，為新中國高等中醫藥教育模式的確立和推廣作出了開創性貢獻，被譽為中國“高等中醫教育的搖籃”。

學校坐落于鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京，擁有仙林和漢中門兩個校區。現有各類在校生2萬余名，有33個本科專業，涉及醫、管、理、工、經、文6個學科門類，形成了以中醫藥為主體、中西醫結合、多學科支撐協調發展的辦學格局。

學校現有國家重點學科3個，國家重點（培育）學科2個，江蘇高校優勢學科4個，江蘇省品牌專業3個，江蘇省重點學科10個，國家中醫藥管理局中醫藥重點學科33個。學校是全國首批博士學位、碩士學位授予單位，有中醫學、中藥學、中西醫結合、護理學4個一級學科及中醫1個專業學位博士學位授權點， 11個一級學科碩士學位及5個專業碩士學位授權點，3個博士后科研流動站。在全國第四輪學科評估中，中醫學、中藥學、中西醫結合三個主干學科均進入A類。臨床醫學、藥理學與毒理學2個學科進入ESI全球排名前1%，2019中國大陸高校ESI機構排名位列第128位，2017年入圍U.S.News世界大學排行榜，2018年上榜自然指數國內高校TOP200，入圍美國Scimago中國大學“學術”排名前128強，入圍“雙一流”建設高校本科教育質量百優榜，艾瑞深校友會2019年中國大學一流專業排名100強。

學校始終堅持以學生為中心，肩扛立德樹人根本使命，著力推進卓越醫生（中醫學9年本博一貫制、“5+3”創新拔尖人才）、卓越科學家（中藥學“4+5”本博連讀創新拔尖人才）和卓越工程師（中藥學/藥學本碩連讀應用人才）培養模式的探索。設有中醫學院·中西醫結合學院、藥學院、醫學院·整合醫學學院、針灸推拿學院·養生康復學院、護理學院、衛生經濟管理學院、人工智能與信息技術學院、國際教育學院及第一、二、三臨床醫學院等教學機構，與中國科學院上海藥物研究所全面合作，共建“新中藥學院”（中藥學“4+5”本博連讀9年制）。擁有附屬醫院（江蘇省中醫院）、第二附屬醫院、附屬南京中醫院、附屬南京醫院等6個直屬附屬醫院，29個非直屬附屬醫院、4個中西醫結合臨床醫學院和3所附屬藥業（江蘇康緣藥業股份有限公司、蘇中藥業集團股份有限公司、香港位元堂藥業控股有限公司），各類教學及畢業實習基地逾百所。

學校有國家發改委工程研究中心、教育部重點實驗室、教育部工程研究中心、江蘇省重點實驗室、江蘇省協同創新中心、江蘇省工程研究中心（工程實驗室）、江蘇省高校重點實驗室、江蘇高校哲學社會科學重點研究基地、國家技術轉移示范中心等多個科研平臺。近年來，學校承擔國家重大科技專項、國家自然科學基金和國家社科基金重大項目總數位列全國中醫藥院校前列，先后獲國家科學技術進步獎二等獎3項、國家技術發明獎二等獎1項、省部級科學技術獎一等獎5項。近2年在NATURE、 JAMA、JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY、NATURE COMMUNICATIONS等雜志發表多篇高水平論文。

學校師資力量雄厚，名家云集。擁有國醫大師6人，“長江學者”特聘教授2人，國家杰出青年科學基金獲得者6人，國務院學科評議組成員3人，百千萬工程國家級人選7人，國家“萬人計劃”科技創新領軍人才2人，中醫藥傳承與創新“百千萬”人才工程岐黃學者5人、國務院政府特殊津貼獲得者54人，國家有突出貢獻中青年專家2人，國家教學名師和中醫藥高等學校教學名師5人，何梁何利基金科學與技術創新獎獲得者1人，全國名中醫4人，涌現出一批全國模范教師和全國優秀教師。學校堅持引培并舉，一批年輕教師獲得國家自然科學基金優秀青年科學基金和江蘇省特聘教授基金資助，一流的師資隊伍為創建一流中醫藥大學積累了堅實的人才基礎。

學校是世界衛生組織（WHO）傳統醫學合作中心、國際針灸培訓中心，是教育部批準接收和培養外國留學生及臺港澳地區學生的首批高等中醫藥院校之一，己經為五大洲培養留學生3萬余名。1993年學校與澳大利亞皇家墨爾本理工大學(RMIT)合作開辦中醫學專業，首開我國與西方正規大學合作開展中醫學歷教育先河。2010年6月20日，習近平主席出席了我校與RMIT合作建立的中醫孔子學院揭牌儀式并發表重要講話，對我校辦學水平給予高度評價。在教育部的支持下，2019年2月學校又與愛爾蘭國立大學（高威）簽約共建中醫與再生醫學孔子學院，該孔子學院的建立是貫徹落實習近平總書記“用開放包容的心態促進傳統醫學和現代醫學更好融合”、推進中醫藥新時代海外發展的積極探索。學校已經與90多個國家和地區的高等院校或學術團體及機構有著廣泛交流和合作，先后在大洋洲、歐洲、美洲建立了8個海外中醫藥中心。

在長期的辦學實踐中，學校秉承 “學貫中西，至精至誠”的辦學理念，堅持特色發展，追求卓越，各項事業快速發展。面向未來，學校將進一步解放思想，深化改革，大力實施“人才強校、學科攀峰、開放協同、文化引領”戰略，繼續堅持特色發展，加強內涵建設，為創建高水平、有特色、國際化的一流中醫藥大學而努力奮斗。