學校以醫學學科為主，現有6個自治區“十三五”重點學科，其中2個高峰學科、4個高原學科；臨床醫學學科進入ESI全球排名前1%；5個一級學科博士學位授權點，2個專業學位博士授權點；10個一級學科碩士學位授權點，8個專業學位碩士授權點；2個博士后科研工作站、3個博士后科研流動站。

學校立足新疆及周邊地區重大疾病、特高發疾病防治和區域特殊藥物資源開發開展研究，成績斐然。2018年，獲得科研項目379項，經費6914.88萬元，縱向項目359項，經費6566.18萬元，橫向項目20項，經費348.7萬元。其中，獲得國家自然科學基金重點項目資助1項，直接經費294萬元，是新疆高校2018年獲得的唯一一項重點項目。2018年，公開發表學術論文3012篇，發表SCI論文499篇，較上年增長59.93%。在國際頂尖學術期刊《Science》雜志發表與武漢大學最新合作成果，影響因子高達41.058，實現新疆生命醫學研究領域重大突破。自治區科技進步獎數量連續十年蟬聯全疆高校第一，2018年獲自治區科技獎14項，其中一等獎3項、二等獎6項、三等獎5項。

學校共有實習基地134家，其中直屬附屬醫院6所，非隸屬附屬醫院6所。學校臨床教學及實習基地集中了全疆優質資源、優勢凸顯，初步實現了“小病不出鄉、大病不出縣、疑難危重病不出疆”的目標。學校6所直屬附屬醫院均為三級甲等醫院、臨床醫學院，開放床位數近一萬余張，其中第一附屬醫院在2017-2018年“中國頂級醫院競爭力100強名單”中名列第55位；第二附屬醫院是國家老年疾病臨床醫學研究中心新疆分中心；第三附屬醫院是國家癌癥中心新疆分中心；第四附屬醫院是國家中醫臨床研究基地、國家中醫藥國際合作基地；第五附屬醫院是中國婦女發展基金會“母親微笑行動”定點醫院；第六附屬醫院是新疆醫科大學中亞骨科中心。

學校不斷加強與國內外知名高校的交流合作。2011年教育部確定中南大學、吉林大學、北京中醫藥大學為我校全面對口支援高校，同時還與復旦大學、中山大學、中國藥科大學等20余所大學建立了長期援疆共建合作關系，各高校選派援疆干部專家實施精準援疆、目標援疆、團隊援疆等形式，促進了學校辦學水平的全面提升。

學校與美、俄、日、英、法、德、巴基斯坦等多個國家的大學及研究機構建立了校際合作關系。特別是近幾年來，學校國際教育的規模和質量不斷提升，學歷被阿聯酋、沙特、巴基斯坦、巴林等多個國家認可。目前，學校有含博士、碩士、本科層次學歷教育留學生564人，被教育部授予首批接受政府獎學金的高校、來華留學生教育先進集體。2011年被批準成為自治區首批來疆留學高校示范基地。

依托現有12個國家臨床重點專科和85個自治區臨床重點專科，學校在周邊國家及地區的影響力明顯增強，為絲綢之路經濟帶核心區建設做出了突出貢獻。

立足新時代，開啟新征程，新疆醫科大學將高舉習近平新時代中國特色社會主義思想的偉大旗幟，緊緊圍繞立德樹人的根本任務，肩負“健康中國”的歷史使命，不忘初心、矢志奉獻，努力打造集醫學教育、醫療服務、醫學研究、健康產業“四位一體”的航空母艦，為新疆社會穩定和長治久安，為中華民族偉大復興努力奮斗。