2000年醫院更名為“四川大學華西第二醫院/華西婦產兒童醫院”，是國家衛生健康委員會委預算管理醫院和全國首批“三級甲等”婦女兒童專科醫院，是四川省首家互聯網醫院，是集醫療、教學、科研、預防保健和人才培養為一體的大學附屬醫院。1993年被國家衛生計生委、聯合國兒童基金會和世界衛生組織授予“愛嬰醫院”稱號，1998年被評為國家“三級甲等婦產兒童專科醫院”，2003年被全國總工會授予“全國女職工先進集體”稱號，2008年被全國總工會授予“抗震救災，重建家園工人先鋒號”旗幟，2009年被全國總工會授予“全國五一勞動獎狀”，2012年獲“全國三八紅旗集體”稱號。

醫院現開放編制床位1580張，其中華西院區730張，錦江院區850張，有22個臨床科室和6個醫技科室。婦產科學和兒科學均為國家重點學科，兒科學為國家精品課程，婦科、產科、兒科新生兒專業為國家臨床重點專科建設項目。婦產科學、兒科學、母嬰醫學和應激生物學為博士學位授權點，婦產科學和兒科學為博士后流動站。醫院擁有“出生缺陷與相關婦兒疾病教育部重點實驗室（四川大學）”，“早期發育與損傷的基礎與臨床嵌合研究”教育部長江學者創新團隊。婦科惡性腫瘤診治、小兒血液病及小兒腫瘤診治、早產兒支氣管肺發育不良防治體系的建設與完善為國家衛生計生委臨床學科重點項目。

全國救治農村兒童白血病、先天性心臟病區域協作中心、中國出生缺陷監測中心、全國婦幼衛生監測辦公室、國家藥物臨床試驗機構、國家衛生計生委住院醫師規范化培訓基地、國家衛生計生委婦科內鏡診療技術培訓基地、國家衛生計生委臨床藥師培訓基地、國家衛生計生委產前診斷培訓基地、國家衛生計生委先心病介入診療技術培訓基地、四川省婦產科質量控制中心、四川省兒科質量控制中心、四川省婦幼檢驗質量控制中心、四川省危重孕產婦救治中心、四川省女性盆底功能障礙性疾病質量控制中心、四川省產前診斷中心、四川省人類精子庫、四川省NICU專科護士培訓基地和四川省產科母嬰護理專科護士培訓基地等均設在我院。2008年醫院西部婦幼醫學研究院正式掛牌。醫院承辦《中華婦幼臨床醫學雜志》（電子版）（中國科技核心期刊）、《國際輸血與血液學雜志》兩本國家級雜志。

醫院現有職工2981名，其中正高級師資103名，副高級師資145名，博士生導師70名，碩士生導師104名。長江學者特聘教授1人，長江學者青年學者2人，千人計劃特聘教授1人，千人計劃青年學者5人，國家杰出青年科學基金獲得者1人，國家自然科學基金重點項目獲得者1人，教育部新世紀人才8名，四川省學術和技術帶頭人38人，四川省衛生計生委學術和技術帶頭人93人，享受國家級政府津貼和部、省級有突出貢獻的中青年專家44人。我院在全國學術團體中，在中華醫學會、中國醫師協會、中國醫藥教育協會、中國婦幼保健協會、中國老年學和老年醫學學會、中華預防醫學會、中國優生科學協會等國家級學會/協會下設委員會和學組中擔任主任委員、候任主任委員、副主任委員等學術任職30余人次；還有四川省和成都市醫學會婦產科、兒科、生殖醫學、遺傳、藥事管理專委會主任委員及副主任委員多名。

醫院檢驗科是全國唯一一家同時通過ISO15189和美國病理學家協會認可的專科醫院實驗室，檢測結果在全球47個國家互認。醫院建設了完整的危重癥監護體系，使危重病的搶救成功率達95%以上。產科中央監護網絡系統、全程家庭胎兒監護系統等通過在醫院或在家中對胎兒進行監護，確保孕婦和胎兒的安全，每年產科收治的孕婦中，70%以上為高危孕婦。體外授精胚胎移植及其各項衍生技術在西南地區處于領先地位，每年完成各項治療3000余周期，成功率接近40%，四川省首例試管嬰兒即在我院誕生。

2000年小兒血液腫瘤科在西南地區率先開展小兒臍血干細胞移植治療白血病，小兒白血病完全緩解率達95%以上，5年生存率達70%，達到國內先進水平，造血干細胞移植技術開展順利。新生兒科是四川省新生兒危急重癥救治和轉診中心，每年收治各類早產兒及危重新生兒超過3000例。小兒心血管科是首批在國內開展小兒先天性心臟病介入治療單位之一，年均完成各類先天性心臟病介入手術500多例，在胎兒期心律失常和心力衰竭診斷和治療方面居國內領先地位。我院擁有獨立分設的兒童傳染性疾病病房，在SARS、甲型H1N1流感、兒童手足口病等流行病的診療和防治中做出了突出貢獻。

我院以中國出生缺陷監測中心/全國婦幼衛生監測辦公室為核心，確立了以婦幼健康信息采集、加工、整理、利用和實現共享的發展重點，形成覆蓋全國31個省（區、市）、334個監測區縣、1.4億人口、監測醫院達783所的監測網絡，在出生缺陷監測、遺傳家系庫建設等方面爭取到了包括科技部973項目為代表的一大批重大科研項目。設在我院的四川省產前診斷中心除完成本院醫療保健任務外，還承擔大量產前診斷與遺傳病診斷會診工作，基本涵蓋了目前國內所能進行的產前診斷與遺傳病診斷項目。

2018年，醫院到校科研經費共計8354.3萬元，獲準各類科研課題193項，其中國家自然科學基金20項，國家重點研發計劃15項，國家科技重大專項1項。發表SCI論文262篇。近5年分別在《THE LANCET》《CELL》《nature medicine》《the bmj》《JAMA Oncology》《THE LANCET Global Health》《Science Translational Medicine》《Cell Research》《Circulation Research》《nature communications》等重要影響力雜志上發表數篇論文。獲專利44項。近5年獲得的國家級及部省級科技成果有：國家科技進步二等獎1項（第二完成單位），高等學校科學研究優秀成果一等獎1項，四川省科技進步獎一等獎3項、二等獎1項、三等獎2項；全國婦幼健康科學技術獎一等獎1項、二等獎1項，中華醫學科技獎二等獎2項，中華預防醫學會科學技術獎二等獎1項、華夏醫學科技獎三等獎1項、四川省醫學科技獎二等獎1項、四川省醫學科技獎（青年獎）二等獎1項。

長期以來，我院以高度的社會責任感，服務社會、關愛社會。醫院與華西醫院共同組建遠程醫療協作網，覆蓋全國307家網絡醫院。2016年啟動四川省百家婦幼保健院醫聯體項目，現已與省內外70家醫院簽訂了醫聯體戰略合作協議（其中4家為緊密型醫聯體醫院），跨出了區域醫療資源和中心醫療資源互補匯流的嶄新一步，預計將簽署100家省內外聯盟醫院，華西婦幼品牌正在向廣度和深度縱深發展。區域聯盟醫院結合“線上”及“在位”兩種模式幫助基層醫院提高醫療、科研、教學及管理水平。

與成都市8個區市縣、6家區級婦幼保健院、83家基層醫療機構共同構建“一干多支”的四川首個區域性兒科專科聯盟—“華西婦兒聯盟”，已有73名基層醫生經考核認證被授予“華西婦兒聯盟醫生”稱號，截止至2018年底，已有近兩萬名患兒通過“華西婦兒聯盟”嘗試基層首診，并有75.11%在基層復診，轉診率為0.098%，家庭就診次均費用下降35%，就診滿意度達95%，該模式讓分級診療得到真正落地。自2003年起開設婦女兒童健康教育公益講座700余期，醫院自籌資金編輯出版《婦幼之家雜志》，免費向病員群眾發放。在重大突發公共衛生事件中，全院員工上下一心，為人民健康保駕護航，在公共衛生事件中發揮了重要作用。特別在“5•12”汶川特大地震發生后，醫院實施了10余個災后重建項目。在再生育工程中，設計再生育醫療技術服務方案、流程，加強對基層醫務人員的培訓，建立了再生育診治綠色通道。自2009年至今，累計為1338對再生育夫婦免費就診，提供優生優育咨詢和產前診斷服務7000余人次。