醫院前身是1936年11月建成的偽滿洲國新京特別市立醫院，抗戰勝利后的1946年，更名為長春大學醫學院附屬醫院，1948年11月，東北解放后，聶榮臻元帥、諾爾曼·白求恩1939年締造的晉察冀軍區衛生學校遷至長春，長春大學醫學院附屬醫院更名長春醫科大學第一附屬醫院，1950年更名為長春軍醫大學第二學院，1954年更名為解放軍第一軍醫大學第二醫院，1978年更名為白求恩醫科大學第二臨床學院， 2000年6月白求恩醫科大學與吉林大學等五校合并為新的吉林大學后，醫院更名為吉林大學第二醫院，醫院占地面積17.1萬平方米，建筑面積43.9萬平方米，在建面積31.5萬平方米，現有自強院區、青年院區和亞泰院區三個院區。雖然幾易院名，傳承不變的是對患者服務像親人，對醫療技術精益求精的白求恩精神，醫院被評為吉林省首家國家級愛嬰醫院、全國百姓放心示范醫院。

工欲善其事，必先利其器。醫院現有62個臨床科室，8個醫技科室，10余個省校級研究和診療中心。醫院擁有飛利浦256排極速CT、日立128排CT、E-CT、世界知名品牌核磁共振4臺、飛利浦IE33彩超、瓦里安直線加速器、全數字平板式心血管造影機（DSA）、西門子3DC型臂、Stryker計算機輔助手術導航系統、全飛秒激光手術系統等高精尖儀器設備430余臺件，固定資產總額18.8億元。作為吉林省乃至東北地區疑難和危重疾病的診療中心，開放床位2789多張，有教職工4000余人；年門診量近181余萬人次，住院病人11萬人次，手術近9萬例。大醫精誠，醫者仁心。醫院踐行白求恩不遠萬里無私奉獻的精神，到基層義診、送醫送藥，目前已經建立起13家遠程醫學網絡醫院，實現了將技術與服務向最需要的基層延伸的目標。

俗話說：“三分治療，七分護理。”作為吉林省優質護理服務示范醫院，醫院在國內率先探索集“全程連續、循環交替、責任分層、彈性工作”為一體的“CARE”護理排班模式。首次將網格化管理理念引入護理界，建立全新的“網格一體化”護理管理模式；是吉林省護理學會婦產科等四個專科分會的主任委員單位及吉林省專科護士培訓基地，吉林省唯一的教育部中職教師培訓基地，并擁有護理碩士專業學位授權點。護理團隊連續包攬省市護理技能大賽團體、個人冠軍，是唯一兩次代表吉林省參加全國護理大賽的精英團隊， 多次榮獲全國巾幗建功標兵崗等榮譽稱號，已經成為吉林省乃至東北地區護理領域的一面旗幟。醫院是國家衛生計生委臨床藥師培訓基地，是吉林省藥學會醫院藥學專業委員會主委所在單位，在不良反應監測、抗菌藥物臨床應用監測方面走在全國的前列。醫院是吉林省醫院感染管理質量控制中心，吉林省預防醫學會醫院感染控制分會主任委員所在單位，是東北三省醫療廢物管理培訓基地，牽頭組織制定了多項全省醫院感染控制規范和專項檢查標準。榮獲全國醫院感染監測先進單位。

大學乃大師之謂也，吉大二院名醫輩出：有國內最早提出彌散性血管內凝血是“羊水栓塞”和“產科低纖維蛋白原癥”致死原因的婦產科專家陰毓章教授，我國首位用前房角鏡檢查青光眼的創始人張文山教授；榮獲中國皮膚科醫師年會杰出貢獻獎的張民夫教授；發現病理學診斷新方法——鼓氣試驗的胸外科專家田榮閣教授等。

今天快速發展的吉大二院，師資力量不斷得到提升和優化，現有雙聘院士4人，58名博士生導師，302名碩士生導師。2018年，院長張學文教授當選教育部高等學校及教育指導委員會臨床醫學類專業教學指導委員會委員；2017年全國醫學院校大學生臨床技能競賽，獲得東北賽區一等獎，操作成績優秀獎，全國總決賽特等獎。醫院現有國家級住培基地22個，專培基地5個，省級繼續醫學教育基地11個。近五年，醫院獲評國家級精品視頻公開課程2門；省級精品課6門（《婦產科學》、《眼科學》、《診斷學》、《皮膚性病學》、《核醫學》、《康復醫學》）、在建慕課4門；優秀教學團隊4個；主編全國高等學校五年制臨床醫學專業規劃教材1部，參與人衛教材編撰三十余人，教材二十余部，獲教學改革課題162項；獲省級教育技術成果獎網絡教學資源類一等獎1項；省級教育技術成果獎影視教材類二等獎2項、三等獎3項，教學專利2項。

 醫療水平的提升，離不開科研引擎的推動。醫院每年投入師資培養的資金達300萬元。五年來醫院累計派出中青年業務骨干153人進行國內進修，公派出國留學70余人，派出人數呈逐年上升趨勢。五年來先后獲得國家自然科學基金委、教育部、科技部、國家衛生計生委、省市級科研課題520項，共發表期刊論文3879篇，SCI收錄論文1011篇，EI論文118篇。獲得授權專利34項，實用新型專利300余項。

為了滿足人民群眾日益增長的醫療需求，醫院正在長春市亞泰大街4026號建設亞泰院區一期遷建工程，假以時日，一座建筑面積29萬平方米，占地面積10萬平方米的全新的現代化醫院將建成并投入使用，這將極大地改善醫療環境，進一步提升診療水平，使醫院的綜合能力再上一個新臺階。

中國共產黨吉林大學第二醫院第四次代表大會工作報告提出，要把吉大二院建成老百姓看病最向往的醫院，因為這里能夠提供最科學、最放心、最具人文關懷的醫療服務；要建成醫護人員最向往的醫院，因為這里能夠提供最好的職業生涯規劃、發展機遇、工作平臺，也最能彰顯職業尊嚴和團隊精神。  
                                                
新的夢想，新的航程，二院人高舉白求恩精神旗幟，秉承“博學慎思、精誠致遠”院訓，正在努力建設高水平研究型大學的臨床醫學院的強院夢。