新疆維吾爾自治區婦幼保健院始建于1951年，是集預防、保健、醫療、科研、教學、培訓為一體的三級甲等婦幼保健機構負責自治區和烏魯木齊市婦幼保健工作的業務管理，技術支持，國際、國內婦幼衛生項目執行等工作。

醫院有兩個院區，位于烏魯木齊市南面的是二道橋院區，占地5.4畝，使用面積5.4萬平方，開放床位400張；位于烏魯木齊市北面會展片區的烏魯木齊友愛（國際）醫院是紅光山院區，占地78畝，2018年一期投入使用，使用面積6萬平方，開放床位450張。 醫院設孕產保健部、兒童保健部、婦女保健部、計劃生育技術服務部。

按照四大部功能任務、群眾需求和機構業務發展需要開設婦科、產科、新生兒科、輔助生殖科、婦女保健門診、日間手術室、中醫婦科、兒童保健門診、兒童康復科等47個科室，其中包括產前篩查、產前診斷、新生兒疾病篩查、新生兒重癥轉運、重癥孕產婦救治、婦科疾病診療、生殖醫學、盆底康復等8個中心。并設立與臨床科室相配套的急診、手術、人類精子庫、醫學影像、檢驗和病理等相關科室。

醫院現有工作人員728人，其中，專業技術人員占95%，高中級職稱醫護人員占30%；開放床位400張，有北京協和醫院、北京大學附屬醫院、東南大學附屬中大醫院、國家婦幼保健中心援疆專家常年坐診。2016年醫院獲批國家自然科學基金依托單位，2017年成為自治區婦產科住院醫師規范化培訓基地。

截至目前，我院有自治區重點專科2個，烏魯木齊市重點專科4個，培養了產前診斷人才、遺傳與優生人才、輔助生殖人才，形成了良好的學科梯隊，是全國孕產婦心身健康門診研究員實習基地、產科麻醉培訓基地、產前診斷培訓基地、中醫藥工作示范基地、眼保健示范單位，自治區宮頸病變防治進修基地、盆底康復技術培訓中心、導樂分娩培訓基地、新疆醫科大學臨床教學基地。設有嬰兒艾滋病早期診斷西北區域實驗室、產前診斷重點實驗室；是烏魯木齊市婦產科質量控制中心。

醫院先后榮獲全國新生兒復蘇項目組織優秀獎、全國青年文明號、全國巾幗文明示范崗、全國農村婦女兩癌免費檢查工作先進集體、全國百佳專科醫院、 全國婦幼健康服務先進集體、全國百家愛嬰醫院、 自治區實施婦女兒童發展綱要先進集體、新疆60年衛生計生系統突出業績單位等國家、省部、市級各項榮譽。