醫院始建于1956年9月，2001年經省政府同意，在原陜西省中醫藥研究院附屬醫院和附屬肛腸醫院的基礎上組建了陜西省中醫醫院，與陜西省中醫藥研究院兩個機構，一套領導班子，實行統一管理。現有建筑面積8.2萬㎡。

編制床位1200張，開設病床1015張，全院有40個臨床醫技科室，全院現有職工1519人，專業技術人員1321人，其中國醫大師1人、教授、主任醫師（研究員）70人，副教授、副主任醫師130人，博士51人，碩士 270人。省級有突出貢獻專家16人，享受政府特殊津貼專家31人，省級名中醫及名老中醫17人。  

科研工作堅持以臨床需求為導向，圍繞醫療工作開展中醫文獻醫史研究，中藥開發研究，研制出中藥自產制劑53種，療效獨具優勢。全院共完成科研課題484項，獲得科技成果獎140項，其中省部級以上科技成果獎63項，出版專著271余部，在省級以上學術刊物發表論文3300余篇。  

醫院是國家級中醫全科醫生規范化培訓基地，省級中醫住院醫師規范化培訓基地，承擔著陜西中醫藥大學、寧夏醫科大學畢業實習任務，是陜西中醫藥大學的研究生教學點，陜西省中醫藥繼續教育基地，每年接收省內外進修實習人員200余人次。在對外學術交流方面，與數十個國家進行技術合作與學術交流，舉辦中國西安國際針灸培訓班，培訓國外學員200余人，努力促進中醫走向世界。  

醫院先后被評為國家“中醫藥科技管理先進單位”、“師承教育管理工作先進單位”、“中醫藥科普工作先進集體”、省“十一五期間自然科學基礎研究先進集體”、“學習型先進組織”、“文明示范單位”、“百姓放心醫院”、“放心藥房”、西安地區“行風建設先進單位”、“綠色醫院”和“市級文明醫院”。  

近年來，院領導班子帶領全院職工，認真貫徹落實科學發展觀，牢記科研與醫療并重的發展理念，以學術發展為先導，努力提高臨床療效，嚴格遵循“精于醫術，誠于服務”的院訓，堅持以病人為中心，突出中醫特色的辦院方向，努力創建西部一流、全國知名的中醫名院，造福三秦人民，為建設“三個陜西”作出更大貢獻！