東方醫院籌建于1986年,于1999年12月12日正式開業，是北京中醫藥大學第二臨床醫學院，國家中醫藥管理局直管單位，國家中醫臨床研究基地建設單位，是一所特色明顯、功能齊全、設備先進，集醫療、教學、科研、預防和健康咨詢為一體的三級甲等中醫醫院，是直屬教育部管理、進入國家“211工程”建設的北京中醫藥大學所屬附屬醫院，北京市醫療保險定點醫院。

2011年6月，北京中醫藥大學東方醫院正式接收北京二七機車廠醫院，命名為北京中醫藥大學東方醫院西院區(二七院區)。2015年5月25日東方醫院正式簽約大興南院區，命名為北京中醫藥大學東方醫院南院區（經開區院區）。醫院現為一院三區：即東方醫院方莊院區、東方醫院西院區(二七院區)、東方醫院南院區（經開區院區）。總占地面積5.68萬平方米，總建筑面積12.43萬平方米。

東方醫院目前編制床位為1377張，其中：方莊院區開放編制800張(目前實際開放736張)；西院區編制床位375張；南院區編制床位202張，將逐步開放。醫院現有高級專業技術人員305名；博士生導師31名、碩士生導師89名；享受政府特殊津貼專家4名；首都國醫名師4名；國家中醫藥專家學術經驗繼承工作指導老師9名；北京市老中醫藥專家學術經驗繼承工作指導老師9名。醫院設有臨床、醫技科室39個，采取以中醫為主、中西醫結合的診療模式。

東方醫院現有國家衛健委臨床重點專科中醫建設項目6個，分別是腦病科、心血管科、婦科、肺病科、脾胃病科、護理學，同時是國家衛健委腦卒中篩查與防治基地。有國家中醫藥管理局重點專科項目14個，分別是腦病科、周圍血管科、腎病科、心血管科、婦科、眼科、肺病科、脾胃病科、兒科、皮膚科、耳鼻喉科、腫瘤科、護理學、預防保健科(治未病中心)。

醫院是北京市衛健委第一批專科醫聯體的核心醫院，牽頭專業有腦病科、心血管科、呼吸熱病科、婦科、兒科等5個。有北京市中醫特色診療中心9個，分別是呼吸病中醫特色診療中心、腦病中醫特色診療中心、兒科中醫特色診療中心、推拿科中醫特色診療中心、肛腸科中醫特色診療中心、耳鼻喉科中醫特色診療中心、婦科中醫特色診療中心、治未病中心、脾胃肝膽科中醫特色診療中心；北京市中醫藥管理局重點專科5個，分別是針灸科、骨科、內分泌科、急診科、臨床藥學；北京市中醫藥管理局“名中醫身邊工程”的牽頭單位之一，組建名中醫團隊24個。擁有醫師培訓基地2個，分別是北京中醫類別全科醫生規范化培訓基地、北京市中醫住院醫師規范化培訓基地；另有北京市中醫病案質控中心、北京市中醫技術質控中心落戶我院。

東方醫院重視發展中醫，特色鮮明，優勢明顯，對醫療實行精細化常態化管理。加強門診建設，改善醫療服務，門診實現微信預約、自助機預約、復診預約、現場預約等多種預約就診功能；實現了微信自助機繳費功能，為患者提供了方便，提升就醫體驗。醫院注重綠色通道建設，開通了心、腦血管綠色通道，加強院內急救能力建設，著眼于提高解決疑難、復雜疾病的能力。為廣大患者提供了及時有效、安全便捷、周到熱情、技術精湛的醫療服務。

開院至今，醫院開展了包括國家重點研發計劃，國家杰出青年科學基金項目，“973”計劃課題等在內的共1234項科學研究，其中主持國家級課題131項，省部級課題224項，獲各級科技成果獎69項。現擁有國家中醫藥管理局細胞分子技術三級實驗室，是國家食品藥品監督管理局藥物臨床試驗機構，并涵蓋了15個新藥臨床試驗專業。醫院目前承擔著國家教育部“211工程”三期重點學科建設項目，是國家中醫藥管理局重點研究室、北京市重點學科建設單位。

中華中醫藥學會耳鼻喉科分會、中華中醫藥學會脈管病專業委員會、全國中醫性學專業委員會及北京市等多個學術團體的主任委員或托管單位。醫院設有國家級北京韋氏眼科流派傳承工作室，國家級名醫王沛教授、劉弼臣教授、周平安教授、陳淑長教授、龐鶴教授、金哲教授、劉大新教授、王素梅教授、韋企平教授名醫傳承工作室，北京市“薪火工程”名老中醫楊甲三教授、劉弼臣教授、王永炎院士、韋玉英教授、王沛教授、周平安教授、廖家楨學術傳承研究及工作室站。

目前，我院中醫學是國家教育部重點二級學科，其中包括中醫內科學、中醫外科學、中醫婦科學、中醫兒科學、中醫骨傷科學、中醫五官科學6個重點三級學科。“十一五”期間，國家中醫藥管理局批準我院為中西醫結合臨床、中醫婦科學建設單位，“十二五”期間新增中醫腦病學、中醫痹病學、中醫兒科學、中醫耳鼻喉科學、中醫眼科學、中醫肛腸病學、中醫周圍血管病學7個重點學科。2012年我院被批準為國家中醫藥管理局標準研究推廣基地，包括呼吸熱病、耳鼻咽喉病、心血管病、脾胃病、風濕病、腫瘤、婦科等22個專業。

作為北京中醫藥大學第二臨床醫學院，具備完善的教學專業設置和層次結構，涵蓋五年制、“5+3” 、留學生、碩士、博士、博士后、師承教育，為國家培養了一批高素質專門人才，是北京中醫藥大學優秀教學實踐基地，北京市中醫局臨床技能實訓基地，國家醫師資格考試和考官培訓基地。學院設有中醫內科專業、中醫外科專業、中醫婦科專業、中醫兒科專業、針灸推拿專業、中西醫結合臨床專業等11個研究生招生專業，建有中醫學、中西醫結合博士后流動站，現有博士學位授權點7個，碩士學位授權點11個，共設內、外、婦、兒等19個臨床教研室，是北京中醫藥大學中西醫結合內科學、中醫眼科學、中醫皮科學、中醫腫瘤學、中醫老年醫學臨床學系主任委員單位，全國中醫藥高等教育學會臨床教育研究會的常務理事單位等。

目前，學院承擔北京中醫藥大學中醫五年制、卓越中醫學（5+3）和北京中醫藥大學--新加坡南洋理工大學“中醫--生物雙學位”項目班臨床課課堂授課、見實習以及研究生教學等任務，也是北京中醫藥大學中藥學院、針灸推拿學院、護理學院、管理學院、人文學院重要的實踐教學基地。

醫院建有現代化手術室、急診EICU、內窺鏡中心、腫瘤治療中心、核醫學科以及功能康復等設施，并擁有先進的診斷手段，配備如CT、核磁、DSA、彩超等大型醫療設備。

我院始終以“大醫精誠、救死扶傷、患者至上”為宗旨，以“精益求精、誠信為本、弘揚國粹、傳承創新”為理念，竭誠為廣大患者服務。