重慶市第九人民醫院位于縉云山麓、嘉陵江畔的北碚主城區內。其前身為盧作孚先生1927年創辦的峽區地方醫院。抗戰爆發后，國立江蘇醫學院（今南京醫科大學）于1939年搬遷到此，其附屬醫院（今江蘇省人民醫院）也在此開診。1953年醫院正式命名為“重慶市第九人民醫院”隸屬重慶市衛生局。1994年醫院成為重慶市醫療急救分中心。

1997年重慶直轄后醫院又劃歸北碚區衛生局管理，2001年重慶市政府將“重慶九院”規劃為重慶北部區域醫療中心，2003年醫院被評審為三甲醫院。2013年通過三甲復審，目前重慶九院已發展為重慶北部地區最大的醫療中心、重慶醫科大學北碚附屬醫院、西南大學附屬醫院、第三軍醫大學教學醫院、美國加州圣蓋堡醫院友好醫院。醫院的三大定位是：醫院成本管理研究全國領先；兒童孤獨癥康復治療中國西部領先；醫教研綜合實力重慶北部領先。

醫院有一個本部和三個分院，占地面積6.26萬平方米，建筑面積11萬余平方米，固定資產總值6.09億元。目前開放床位1050張（編制床位1200張），在崗員工1700余人，其中高級職稱技術人員203人，博士、碩士生（含在讀）235人。現擁有各種先進的醫療儀器設備價值2.05億元，年均門診病人量70余萬人次、收治住院患者4萬余人次、年開展各類手術萬余臺。

醫院通過實施人才強院戰略，專科水平和綜合實力有了較大提升，2019年獲批設立市級博士后科研工作站。現有碩士生點8個、2個省部級“中心”，21個省部級重點學科（專科）、特色專科，9個區級重點專科。

醫院始終堅持“情系民生、追求卓越”的辦院理念，堅持走低成本支撐差異性發展的道路。在全國率先進行了公立醫院平衡計分卡戰略績效管理系統、醫療資產優化重組、人事分配機制、健康教育與健康促進、三甲醫院興辦社區衛生服務、醫院成本管理研究等諸多方面的探索和改革。逐步形成了醫院質量、安全、成本、消耗一體化的醫院戰略和科室規范化建設為主的醫院戰術，其戰略戰術的結合點為平衡計分卡和PDCA的醫院特色。

近年來，九院人以推動醫院公益性、科學性、創新性發展為己任，不斷強化內涵建設，連續實現3個五年規劃目標。在改革創新的道路上不斷摘金奪銀，先后榮獲全國“五一”勞動獎狀、全國衛生系統先進集體、全國百姓放心示范醫院、全國模范職工之家、首屆全國醫院科技創新獎，全國公立醫院改革創新獎等為代表的全國集體榮譽近30項。榮獲以白求恩精神示范醫院、重慶市五一勞動獎狀為代表的市級榮譽，以北碚區首屆伯樂獎為代表的區級榮譽上百項。還榮獲全國勞模、全國五一勞動獎章、全國優秀院長、全國巾幗建功標兵、衛生部城鄉醫院對口支援先進個人、中國好人、全國優質護理服務先進個人、優秀援藏干部、重慶市勞動模范、北碚區首屆杰出突出貢獻獎等一系列個人榮譽。

2017年，醫院與兩江新區管理委員會簽署合作協議，由委員會投入4.2億元，在北碚水土高新技術產業園區新建一所擁有500張床位，占地面積96畝，總建筑面積約6萬平方米的兩江分院。目前醫院正以一個院本部為主體，完善兩翼（3個分院和兩江分院）的學科布局，不斷豐富附屬醫院內涵，促進醫院醫教研協調協同發展。