牙醫周汝川博士鑒于戰后臺灣的牙醫師人才奇缺，遂于1960年創設該校，初創之時只有牙科，名為中山牙科專科學校，簡稱中山牙專。1962年5月設醫科為中山醫學專科學校，簡稱中山醫專，其后再增設護理科與醫事技術科。牙科、醫科、護理科招收高中畢業生，牙科修業初為四年后延長為五年，醫科修業先為四年后延長為五年乃至六年，護理科修業為三年均屬三專學歷，醫技科招收初中畢業生修業五年，屬于五專學歷。

在1977年4月獲準昇格為學院，改名為中山醫學院。2001年7月教育部審核通過，正式改制為中山醫學大學，同年8月附設醫院也奉準改制更名為“中山醫學大學附設醫院”。

目前有醫學院、口腔醫學院、健康管理學院及醫學科技學院等四個學院，共有二十一個醫學相關科系、十八個研究所，其中七個科系有博士班。

中山醫大學生總數達7385人，于醫學大學中排名第二，僅次于中國醫大7410人（高醫大6896人，北醫大5840人，陽明大學4084人，慈濟大學3389人）