學校1958年開始招收五年制本科學生，1978年招收碩士研究生，是全國首批碩士學位授予單位，具有博士學位授予權。現有臨床醫學、基礎醫學、藥學、生物醫學工程一級學科博士點和臨床醫學專業學位博士點，臨床醫學、護理學、中藥學、生物學、生物醫學工程、基礎醫學、中西醫結合、藥學、醫學技術、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、公共管理等12個一級學科碩士點，臨床醫學、生物醫學工程、口腔醫學、護理、公共管理、藥學、公共衛生、應用心理等8個專業碩士學位授權點；設有臨床醫學一級學科博士后科研流動站。學校位列ESI全國高校綜合排名第74名，臨床醫學、藥理學與毒理學、生物學與生物化學、分子生物學與遺傳學、材料科學、化學6個學科進入ESI全球排名前1%，其中臨床醫學專業進入ESI全球排名前0.2%。擁有1個省部共建國家重點實驗室、1個國家工程技術研究中心、1 個國家臨床醫學研究中心（眼科疾病）、1個國家國際科技合作基地、1個國家國際聯合研究中心、18個省部級重點實驗室（研究中心）、1個浙江省“2011協同創新中心”，1個浙江省哲學社會科學重點研究基地。2個浙江省“重中之重一級學科”，3個浙江省A類一流學科、7個B類一流學科，10個浙江省高校重點學科，2個浙江省重點建設學科。


 學校堅持以社會需求為導向，以百姓滿意為宗旨，著力培養有情懷有自信、能做事能創新的優秀醫學人才。學校現有27個本科招生專業，涉及醫學、理學、工學、管理學等四大學科門類。有全日制在校生17155人（不含獨立學院——溫州醫科大學仁濟學院），其中博士研究生167人，碩士研究生3121人，學歷教育留學生840余人。學校已形成從本科生到碩士生、博士生及博士后，從全日制到成人教育、留學生和港澳臺學生教育全方位、多層次的人才培養體系。人才培養質量穩步提升，臨床醫學類畢業生參加國家執業醫師資格考試通過率一直位居全國前10%。據省教育評估院最新數據，我校2015屆（畢業后3年）畢業生就業整體競爭力居省重點建設高校第一；2017屆（畢業后一年）本專科畢業生職業發展與人才培養質量總排名在省重點建設高校中位列第二。

學校秉持“仁肅勤樸、求是奮發”的校訓，堅持特色立校、人才強校、文化興校，逐漸形成了“以特色學科引領和帶動全面發展，以推進國際化進程提升辦學水平，以醫療和產學研一體化服務于地方經濟社會發展”的辦學特色，探索出了一條地方高等院校的強校之路。

 學校的發展定位是：以本科教育為主，積極發展研究生教育；以醫學學科為重點，多學科協調發展；立足浙江，服務全國，面向世界；辦學特色鮮明、國內一流、有國際影響的應用研究型大學。