上海交通大學醫學院由中華人民共和國教育部、中華人民共和國衛生部和上海市人民政府共建，位列“211工程”、“985工程”、“雙一流”，入選中國首批“卓越醫生教育培養計劃”，是國家級臨床技能實驗示范中心學科組長單位、上海市卓越醫學教育計劃專家組組長單位、全國法文醫學特藏中心。

上海交通大學醫學院前身是由圣約翰大學醫學院（創建于1896年）、震旦大學醫學院（創建于1911年）、同德醫學院（創建于1918年）于1952年全國高等學校院系調整時合并而成的上海第二醫學院；1985年，更名為上海第二醫科大學。1997年，學校通過了“211工程”立項。2005年7月18日，上海交通大學與上海第二醫科大學合并，成立了由教育部、上海市人民政府重點共建的上海交通大學醫學院，進入“985”高校行列。2010年11月，學院成為衛生部與教育部合作共建的第一批十個重點高校中的一員。

截至2017年12月底，學院擁有重慶南路、閔行兩個校區，下設23個學院（系），13所附屬醫院，開辦2個八年制專業（授予博士學位）和7個本科專業；有4個一級學科博士后流動站，8個一級學科博士學位授權點；有國家重點學科（三級學科）16個，上海市重點學科18個，上海高校一流學科9個；7個學科進入ESI全球排名前1%；有教職醫務員工25348名，專任教師661名，院士31人；有在校生7927名，其中本科及長學制學生2821名，研究生4842名，留學生274名。