“中山醫學院”最早得名于1957年，其源頭可以追溯到1866年成立的中國最早西醫學校——博濟醫學堂。中山醫學院的發展大致可以分為三個階段。

第一階段：從1866年創立博濟醫學堂到解放初期院校調整之前（1866～1953）

1866年，美國傳教士醫師嘉約翰在廣州設立博濟醫學堂，孫中山先生曾在此學醫和從事革命活動。后來，博濟醫學堂并入嶺南大學，成立嶺南大學醫學院。隨后又吸納了私立夏葛醫學院。隨后私立夏葛醫學院又并入嶺南大學醫學院。

中山醫學院的另一個重要的源頭是1909年成立的廣東公醫學堂。廣東公醫學堂后來發展成廣東公醫醫科大學，又并入國立廣東大學，隨大學更名，成為中山大學醫學院。

第二階段：從解放初期院校調整到2001年兩校合并之前（1953～2001）

1953年解放初，全國院校調整，嶺南大學醫學院和中山大學醫學院合并成立華南醫學院，隨后廣東光華醫學院也并入華南醫學院。此后，華南醫學院相繼改名為廣州醫學院、中山醫學院、中山醫科大學，并成立中山醫科大學基礎醫學院。這個階段，在著名的醫學教育家柯麟的帶領下，中山醫學院建立了完善的現代醫學教育體系，擁有一批在國內外醫學界有較大影響力的大師和名家，教學、科研和醫療取得了較大的發展，成為中南地區最高醫學學府和衛生部屬的六所全國重點醫學院校之一。

在1960年代，中山醫學院擁有梁伯強、謝志光、陳心陶、陳耀真、秦光煜、林樹模、周壽愷、鐘世藩八位國家一級教授，被人稱為“八大教授”，現在北校區醫學圖書館二樓陳列著八位一級教授和柯麟院長的油畫像。

陳心陶教授在防治血吸蟲病方面做出了突出成就，兩次受到毛澤東主席的接見。

第三階段：2001年兩校合并至今（2001～現在）

隨著全國高等醫學教育管理體制改革，恢復了綜合性大學辦醫學教育。2001年10月，原中山大學和中山醫科大學合并為新中山大學，并成立了中山大學中山醫學院，我院進入一個嶄新的發展階段。

中山醫學院在學科建設、科學研究、人才培養、實驗室規模、實驗儀器設備等方面均處于國內同類學院前列，已成為一個學科門類齊全、基礎條件優越、教學科研力量雄厚，在國內外有一定影響的基礎醫學教學、科研和技術開發基地。