醫(yī)院源于1946年，曾用名“寶安縣衛(wèi)生院”、“寶安縣人民政府衛(wèi)生院”、“南頭衛(wèi)生院”、“南頭公社中心衛(wèi)生院”、“南頭地段衛(wèi)生院”、“南頭區(qū)人民醫(yī)院”，1992年改現(xiàn)名“深圳市南山區(qū)人民醫(yī)院”，2004年增名為“深圳市第六人民醫(yī)院”。2009年9月，掛牌“華中科技大學(xué)協(xié)和深圳醫(yī)院”。2012年12月，成為廣東醫(yī)學(xué)院非直屬臨床醫(yī)學(xué)院。

我院占地面積5.44萬平方米，總建筑面積10.16萬平方米，編制總床位900張，開放床位近1200張，服務(wù)人口170萬。南山區(qū)政府已立項改擴建工程，醫(yī)院已向發(fā)改局申報16億元，新建19.60萬平方米的門急診醫(yī)技樓、外科大樓及科教綜合樓，屆時醫(yī)院占地面積將達8.3萬平方米（含荔香中學(xué)近3萬平方米用地）醫(yī)院總建筑面積達到28.20萬 平方米，床位數(shù)2200張，地下停車場有車位1700個，并與地鐵站負(fù)一層連通。

我院設(shè)有內(nèi)、外、婦、兒、疼痛、中醫(yī)、全科、護理、康復(fù)、口腔、耳鼻喉及急重癥醫(yī)學(xué)等11個教研室。目前已有碩士研究生導(dǎo)師29人，先后培養(yǎng)了碩士研究生139人；已連續(xù)11年完成大學(xué)本科理論授課，培養(yǎng)本、專科實習(xí)生2800余人。2004年我院與廣東醫(yī)學(xué)院簽訂協(xié)議，成為廣東省醫(yī)學(xué)院非直屬附屬醫(yī)院，2012年升格為廣東醫(yī)學(xué)院南山臨床醫(yī)學(xué)院。

醫(yī)院加強與國內(nèi)外的學(xué)術(shù)交流，舉辦各級繼續(xù)教育項目40多項。我院建有中心實驗室、疼痛實驗室、耳鼻咽喉科解剖實驗室、疼痛醫(yī)生尸體操作培訓(xùn)室等，配備了免疫學(xué)檢測儀器、基因擴增及分析設(shè)備、細(xì)胞培養(yǎng)設(shè)備、蛋白質(zhì)分析儀、流式細(xì)胞儀等多項高端設(shè)備，可開展外周血單核細(xì)胞分離技術(shù)、間接免疫熒光技術(shù)、酶聯(lián)免疫吸附測定技術(shù)、基因擴增與分析、單克隆抗體培養(yǎng)、PCR技術(shù)等多項臨床與基礎(chǔ)研究。

近三年我院已獲得國家自然科學(xué)基金6項，省級科研基金3項，廳局級科研基金13項，市級科研基金79項，區(qū)級科研基金99項、學(xué)術(shù)論文發(fā)表數(shù)及質(zhì)量穩(wěn)步提高，其中近三年被SCI收錄的學(xué)術(shù)論文達42篇。

長期以來，為持續(xù)提升醫(yī)療技術(shù)和服務(wù)水平，在南山區(qū)委、區(qū)政府大力推動和支持下，醫(yī)院歷屆領(lǐng)導(dǎo)班子均注重對外交流與合作。2009年9月，我院與華中科技大學(xué)協(xié)和醫(yī)院正式簽署技術(shù)合作協(xié)議，在醫(yī)教研管各方面建立了緊密合作關(guān)系。根據(jù)協(xié)議，協(xié)和醫(yī)院常年派駐8-10名專家駐點南山，為深圳市民提供近在咫尺的國內(nèi)一流醫(yī)療服務(wù)。三年多來，兩院合作亮點突出，成績斐然，成功實現(xiàn)了晉級廣東省“三級甲等醫(yī)院”里程碑式的跨越。

我院還利用地域優(yōu)勢，與香港中文大學(xué)緊密合作，建立耳鼻喉合作項目、心理治療中心、顯微及內(nèi)窺鏡技術(shù)實驗室；與四川大學(xué)華西醫(yī)院結(jié)成姊妹醫(yī)院關(guān)系，開通華西醫(yī)院在南山醫(yī)院的遠程教學(xué)和遠程會診中心。

我院是國家衛(wèi)生計生委臨床路徑管理試點單位，建立了一整套管理制度、工作模式、運行機制以及質(zhì)量評估和持續(xù)改進體系，有力促進了管理效能、患者滿意度、醫(yī)療質(zhì)量的大幅提升。2007-2012年，我院在深圳市醫(yī)療服務(wù)整體管理與質(zhì)量控制評估中總分均為區(qū)屬中心醫(yī)院第一名，2010年因通過三級甲等醫(yī)院評審獲得免檢殊榮。

作為深圳西部中心區(qū)域唯一一家大型綜合性醫(yī)院，我院承擔(dān)并出色地完成了大量突發(fā)公共衛(wèi)生事件的醫(yī)療救治工作及政府各項指令性任務(wù)。如派遣醫(yī)務(wù)人員參加援疆醫(yī)療隊開展衛(wèi)生對口支援、汶川地震搶險救災(zāi)、防治甲型H1N1流感、嬰幼兒結(jié)石篩查、手足口病防治、雪災(zāi)期間的醫(yī)療保健、摩托艇大賽期間的醫(yī)療保障、2011年大運會主會場的定點醫(yī)療保障服務(wù)等，獲得了良好的社會聲譽。

深圳市是國家衛(wèi)生計生委指定的全國17個公立醫(yī)院改革試點城市之一，重點試點社區(qū)衛(wèi)生服務(wù)院辦院管和法人治理結(jié)構(gòu)兩個主題。目前，我院所屬26家社康中心形成了“院辦院管、雙向轉(zhuǎn)診、聯(lián)網(wǎng)運營”的服務(wù)模式，提升了基層醫(yī)療服務(wù)能力和水平。2009年我院成立理事會，每年定期召開會議，在法人治理結(jié)構(gòu)方面做出了積極、有益的探索。

2013年初，新一屆領(lǐng)導(dǎo)班子上任伊始，即決定緊跟新醫(yī)改步伐，將該年確定為創(chuàng)建國家三級甲等綜合醫(yī)院暨規(guī)范執(zhí)行年，以國家三級甲等綜合醫(yī)院、高等醫(yī)學(xué)院校附屬醫(yī)院和臨床學(xué)院標(biāo)準(zhǔn)建設(shè)醫(yī)院；調(diào)整學(xué)科結(jié)構(gòu)，轉(zhuǎn)變發(fā)展方式，加強醫(yī)院管理，優(yōu)化服務(wù)流程，改善就醫(yī)體驗，遏制醫(yī)療費用的不合理增長；繼續(xù)以協(xié)南合作為契機，加強內(nèi)涵建設(shè)，注重學(xué)科發(fā)展，規(guī)范醫(yī)療行為，提高醫(yī)療質(zhì)量，保障醫(yī)院安全，促進醫(yī)院臨床、科研和教學(xué)工作的全面、協(xié)調(diào)和可持續(xù)發(fā)展；通過質(zhì)量建設(shè)、人才建設(shè)、行風(fēng)建設(shè)和文化建設(shè)，提升醫(yī)院的核心競爭力，將醫(yī)院打造成與深圳經(jīng)濟社會發(fā)展水平相適應(yīng)的、人民滿意的國家三級甲等綜合醫(yī)院。