醫院始建于1935年5月福州成立的福建省立福州產育院，1938年抗日戰爭時期遷到沙縣西門，建立臨時診所先后稱福建省立高級助產職業學校附屬醫院、福建省立產院。1945年抗戰勝利后回遷福州市烏山路先后改稱福建省婦嬰保健院、福州市平民產院。新中國建立后1951年3月成立福建省婦幼保健院。在“文化大革命”期間從專科性婦幼保健院轉為綜合性醫院，1970年4月從省屬下放福州市稱福州市第三醫院，1973年3月收回歸省屬改為福建省婦幼保健院。1979年省婦幼衛生計劃生育工作隊改組為福建省婦幼保健指導所，掛靠省婦幼保健院。1991年3月福建省婦幼保健指導所并入醫院設立保健部。1996年通過衛生部評審成為全國首家三級甲等婦幼保健院，2003年經福建省衛生廳批準增加“福建省婦兒醫院”第二稱謂。

福建省婦幼保健院遵循“以保健為中心、以保障生殖健康為目的、實行保健與臨床相結合、面向群體、面向基層和預防為主”的工作方針，擔負全省婦女兒童保健技術業務指導和婦女兒童常見病、多發病及疑難病癥的診治、教學、科研工作。

保健部下設4個業務科室和17個二級業務門診，以福建省婦女、兒童發展綱要為指導，作為全省婦幼保健業務指導中心，通過婦幼保健項目的實施，加強保健工作，規范產、兒科技術，開展基層婦幼衛生技術指導，降低孕產婦死亡率和嬰兒死亡率，為廣大婦女兒童提供優質的醫療保健服務。

八個福建省省級中心掛靠醫院開展工作。福建省新生兒疾病篩查中心、福建省新生兒救護中心依托全省建立的新生兒疾病篩查和救護體系，負責全省范圍新生兒疾病防治和救護工作；福建省宮頸疾病診治保健中心開展子宮頸癌的預防及癌前病變規范化診斷與治療工作，為國家衛生部十年百項PCC項目示范基地。福建省兒童救護中心負責全省兒科診療技術培訓及全省兒科危重癥的救護工作。福建省生殖健康中心于2003年通過國家衛生部專家組評審，成為省內首家獲準開展輔助生殖技術的醫療機構，開展輔助生殖健康領域的臨床、科研、培訓工作，1999年1月5日我省首例雙胞胎試管嬰兒誕生，填補省內生殖醫學空白；福建省產前診斷中心于2009年5月通過衛生部專家組評審，開展胎兒先天性缺陷和遺傳性疾病診斷及相應的篩查工作，遺傳疾病、優生優育的方面研究處于省內領先水平；福建省兒童保健示范中心建設項目于2013年8月正式啟動，開展全省兒童保健服務技術標準化、規范化工作。福建省婦女保健示范中心于2016年12月通過驗收，開展婦女全生命周期保健工作，探索我省婦女保健服務模式創新和水平提升。在福建省衛生計生委高水平臨床醫學中心建設規劃中，醫院負責承建福建省兒童醫學中心和福建省生殖醫學中心。

福建省醫學會婦產科學分會、兒科學分會、圍產醫學分會、計劃生育學分會、生殖醫學分會、福建省預防醫學會婦幼保健專業委員會、福建省預防醫學會出生缺陷與控制委員會、福建省優生優育與婦幼保健協會兒童早期發展專業委員會、福建省護理學會婦產科專業委員會、福建省護理學會婦產科專業委員會、福建省衛生信息協會信息技術分會掛靠醫院開展工作。醫院是福建醫科大學非直屬附屬醫院，承擔福建醫科大學、福建中醫藥大學、莆田學院、福建衛生職業技術學院、漳州衛生職業技術學院等醫學院校的專業理論教學和見、實習任務，同時承擔基層婦幼保健人員的進修培養工作。醫院設有6個碩士點，1個博士點，承擔國內外研究生的培養和實習任務。近五年我院在科研課題、成果中也不斷取得突破，全院共獲得院外立項課題101項。其中國家級5項，省部級項目41項，廳市級項目55項，共獲資助經費1772.721萬元。獲得科技獎24項，其中省部級10項，廳市級14項。

醫院以誠信、奉獻、求實、創新的精神開拓進取，曾先后獲得“全國創建文明行業工作先進單位”“全國衛生系統先進集體”“全國婦幼衛生工作先進單位”“全國衛生文化建設先進單位”“全國計劃生育科學技術先進集體”“全國模范職工之家”“全國女職工組織先進集體”“全國維護婦女兒童權益先進集體”等國家級和省部級榮譽稱號，同時被省委、省政府授予“創文明單位建滿意窗口先進單位”“福建省三八紅旗集體”“福建省五一勞動獎狀”等多項榮譽稱號。